Em seu campus em São José, na Grande Florianópolis, a FCEE conta com dez Centros de Atendimento Especializado, que são espaços de estudos, discussões, atendimentos e pesquisas em suas respectivas áreas de atuação. A clientela dos Centros é composta por pessoas com atraso global do desenvolvimento, deficiência (visual, auditiva, intelectual, física e múltipla), transtorno do espectro autista, transtorno do déficit de atenção/hiperatividade e altas habilidades/superdotação.